Theo IUCN đánh giá của IUCN, 441 đơn vị phân loại thực vật bản địa đã được ghi nhận, trong đó 161 loài thực vật có mạch và 88 cây thân gỗ là loài đặc hữu. Động vật có vú bản địa có Cáo bay Bonin, một loài cực kỳ nguy cấp; Cùng với đó là sự ghi nhận của 195 loài chim, 14 trong số đó có tên trong Sách đỏ của IUCN. Vườn quốc gia có 2 loài bò sát trên mặt đất, trong đó có Rắn mắt kính Ogasawara là loài đặc hữu của quần đảo. Tại đây ghi nhận 1.380 loài côn trùng, 379 loài trong số đó là loài đặc hữu; 134 loài ốc đất với 100 loài là loài đặc hữu. Ngoài ra là 40 loài cá nước ngọt, 23 loài cá voi, 795 cá nước mặn, 226 san hô đã được ghi nhận.[6]